構(gòu)建 DNA 文庫(kù)時(shí),用 AluⅠ(AG↓CT) 和 HaeⅢ(GG↓CC) 部分消化基因組 DNA 后,將得到的片段用 M.EcoRⅠ 甲基化酶處理,然后加上合成的 EcoRⅠ 接頭,再用 EcoRⅠ 來(lái)切割時(shí)只有接頭上的位點(diǎn)可被切割,從而保護(hù)基因組片段。
構(gòu)建 DNA 文庫(kù)時(shí),用 AluⅠ(AG↓CT) 和 HaeⅢ(GG↓CC) 部分消化基因組 DNA 后,將得到的片段用 M.EcoRⅠ 甲基化酶處理,然后加上合成的 EcoRⅠ 接頭,再用 EcoRⅠ 來(lái)切割時(shí)只有接頭上的位點(diǎn)可被切割,從而保護(hù)基因組片段。
E.coli 中至少有 3 種依賴(lài)于甲基化的限制系統(tǒng) mcrA、 mcrBC 和 mrr ,它們識(shí)別的序列各不相同,但只識(shí)別經(jīng)過(guò)甲基化的序列,都限制由 CpG 甲基化酶(M SssⅠ)作用的 DNA (限制即消化降解)。 Mrr 限制 m6A ; McrA 限制 HpaⅡ 甲基化修飾的位點(diǎn); McrBC 切割兩套半位點(diǎn)(G/A)mC ,這兩套位點(diǎn)之間間隔 2kb ,最適為 55~103bp ,需 GTP ;大多數(shù)常用的 E.coli 都含這三個(gè)限制系統(tǒng)中的一個(gè)或幾個(gè),三個(gè)都不限制 Dcm 修飾的位點(diǎn),Mrr不限制 dam、 EcoKⅠ、 EcoRⅠ 修飾的位點(diǎn)。
國(guó)內(nèi)甲基化酶行業(yè)前景如何?據(jù)中研研究院出版的《2023-2028年甲基化酶行業(yè)市場(chǎng)深度分析及發(fā)展策略研究報(bào)告》顯示
甲基化酶市場(chǎng)需求如何 未來(lái)甲基化酶行業(yè)市場(chǎng)還有前景嗎
甲基化酶,原核生物甲基化酶是作為限制與修飾系統(tǒng)中的一員,用于保護(hù)宿主DNA不被相應(yīng)的限制酶所切割。在E.coli中,大多數(shù)都有三個(gè)位點(diǎn)特異性的DNA甲基化酶。甲基化酶行業(yè)研究報(bào)告主要分析了甲基化酶行業(yè)的市場(chǎng)規(guī)模、甲基化酶市場(chǎng)供需求狀況、甲基化酶市場(chǎng)競(jìng)爭(zhēng)狀況和甲基化酶主要企業(yè)經(jīng)營(yíng)情況、甲基化酶市場(chǎng)主要企業(yè)的市場(chǎng)占有率,同時(shí)對(duì)甲基化酶行業(yè)的未來(lái)發(fā)展做出科學(xué)的預(yù)測(cè)。
DNA甲基化:脊椎動(dòng)物的DNA甲基化一般發(fā)生在CpG位點(diǎn)(胞嘧啶-磷酸-鳥(niǎo)嘌呤位點(diǎn),即DNA序列中胞嘧啶后緊連鳥(niǎo)嘌呤的位點(diǎn))。經(jīng)DNA甲基轉(zhuǎn)移酶催化胞嘧啶轉(zhuǎn)化為5-甲基胞嘧啶。人類(lèi)基因中約80%-90%的CpG位點(diǎn)已被甲基化,但是在某些特定區(qū)域,如富含胞嘧啶和鳥(niǎo)嘌呤的CpG島則未被甲基化。這與包含所有廣泛表達(dá)基因在內(nèi)的56%的哺乳動(dòng)物基因中的啟動(dòng)子有關(guān)。1%-2%的人類(lèi)基因組是CpG群,并且CpG甲基化與轉(zhuǎn)錄活性成反比。
Dam 甲基化酶可在 GATC 序列中的腺嘌呤 N6 位置上引入甲基。一些限制酶(PvuⅡ, BamHⅠ、BclⅠ、BglⅡ、XhoⅡ、MboⅠ、 Sau3AⅠ)的識(shí)別位點(diǎn)中含 GATC 序列,另一些酶 ClaⅠ(1/4)、 XbaⅠ(1/16)、TaqⅠ(1/16)、MboⅠ(1/16)、 HphⅠ(1/16) 的部分識(shí)別序列含此序列,如平均 4 個(gè) ClaⅠ 位點(diǎn)(ATCGATN)中就有一個(gè)該序列。
有些限制酶對(duì) Dam 甲基化的 DNA 敏感,不能切割相應(yīng)的序列,如 BclⅠ、 ClaⅠ、 XbaⅠ 等。對(duì)甲基化不敏感的有 BamHⅠ、 Sau3AⅠ、 BglⅡ、 PvuⅠ 等。 MboⅠ 和 Sau3AⅠ 識(shí)別和切割位點(diǎn)相同,但其差異就在于前者對(duì)甲基化敏感。一般哺乳動(dòng)物 DNA 不會(huì)在腺嘌呤 N6 上甲基化,因此對(duì)甲基化敏感的限制酶切割這些 DNA 不會(huì)受到影響。當(dāng)需要在這些敏感位點(diǎn)上完全切割 DNA 時(shí),可利用 dam- E.coli 擴(kuò)增并提取 DNA
目的調(diào)查國(guó)內(nèi)6個(gè)省市25家醫(yī)院臨床分離鮑曼不動(dòng)桿菌中介導(dǎo)高水平氨基糖苷類(lèi)抗生素耐藥的16SrRNA甲基化酶基因armA、rmtA、rmtB的分布情況。方法收集國(guó)內(nèi)6省市8家省級(jí)醫(yī)院、浙江省11個(gè)地區(qū)17家市級(jí)醫(yī)院臨床分離的700株鮑曼不動(dòng)桿菌。瓊脂稀釋法測(cè)定其對(duì)妥布霉素、阿米卡星、慶大霉素、異帕米星、奈替米星5種氨基糖苷類(lèi)抗生素的最低抑菌濃度(MIC)值;PCR篩選三種甲基化酶基因armA、rmtA、rmtB,克隆測(cè)序明確基因型;脈沖場(chǎng)凝膠電泳(PFGE)分析菌株的同源性;
質(zhì)粒抽提、接合試驗(yàn)及Southern雜交確定armA基因定位。結(jié)果對(duì)阿米卡星、慶大霉素、異帕米星、奈替米星的耐藥率分別為67.7%、70.9%、75.7%、63.5%和71.5%。對(duì)5種氨基糖苷類(lèi)抗生素全部耐藥的菌株有377株,其中334株檢出armA基因;未發(fā)現(xiàn)rmtA、rmtB陽(yáng)性菌株。
armA基因陽(yáng)性菌株P(guān)FGE分型以A、B、C為主。堿裂解法反復(fù)抽提未得到質(zhì)粒,多次接合試驗(yàn)未成功;Southern雜交顯示,armA基因分別位于克隆A、B、c菌株染色體ApaⅠ酶切PFGE約220、300、220kb大小的PFGE片段上。結(jié)論16SrRNA甲基化酶基因armA在鮑曼不動(dòng)桿菌中廣泛存在,armA基因位于鮑曼不動(dòng)桿菌的染色體上。
基因測(cè)序應(yīng)用范圍廣,中游測(cè)序服務(wù)企業(yè)在技術(shù)集成上將有先發(fā)優(yōu)勢(shì)?;驕y(cè)序可應(yīng)用于腫瘤檢測(cè)、遺傳病檢測(cè)等多方面。據(jù)測(cè)算,未來(lái)基因檢測(cè)在腫瘤應(yīng)用領(lǐng)域市場(chǎng)規(guī)模將達(dá)到120億美元,占比60%;婚前、孕前、產(chǎn)前及新生兒基因檢測(cè)的市場(chǎng)規(guī)??蛇_(dá)20億美元,占比為10%。
在整個(gè)基因測(cè)序產(chǎn)業(yè)鏈中,DNA樣本制備儀處于中游的測(cè)序服務(wù)提供商將憑借其獨(dú)有的技術(shù)獲取先發(fā)優(yōu)勢(shì)?,F(xiàn)階段,測(cè)序服務(wù)企業(yè)主要有Illumina、Roche、Pacific、Lifetech、華大基因、達(dá)安基因及貝瑞和康等公司,國(guó)內(nèi)的醫(yī)院、研究機(jī)構(gòu)、藥企等基因測(cè)序服務(wù)市場(chǎng)基本被有技術(shù)和成本優(yōu)勢(shì)的華大基因、貝瑞和康和安諾優(yōu)達(dá)所占據(jù)。
從行業(yè)專(zhuān)利技術(shù)情況來(lái)看,隨著近年來(lái)我國(guó)基因檢測(cè)行業(yè)的不斷發(fā)展,研究的持續(xù)深入,行業(yè)相關(guān)專(zhuān)利數(shù)量也隨之不斷增長(zhǎng)。數(shù)據(jù)顯示,2021年我國(guó)基因檢測(cè)相關(guān)專(zhuān)利數(shù)量為924件,同比下降1.3%。
根據(jù)數(shù)據(jù)顯示,受疫情影響,我國(guó)基因檢測(cè)行業(yè)市場(chǎng)規(guī)模增速放緩,達(dá)151億元,同比增長(zhǎng)1.3%。預(yù)計(jì)到2023年行業(yè)規(guī)模將達(dá)300億元。2020年受疫情影響,我國(guó)消費(fèi)級(jí)基因檢測(cè)市場(chǎng)規(guī)模有所下滑,為68.5百萬(wàn)美元,同比下降13.9%。隨著疫情被有效控制,在需求的推動(dòng)下,預(yù)計(jì)2023年行業(yè)規(guī)模將達(dá)158.3百萬(wàn)美元。
(1) 甲基化特異性的PCR(Methylation-specific PCR,MSP)
用亞硫酸氫鹽處理基因組DNA,所有未發(fā)生甲基化的胞嘧啶被轉(zhuǎn)化為尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶不變;隨后設(shè)計(jì)針對(duì)甲基化和非甲基化序列的引物進(jìn)行PCR。通過(guò)電泳檢測(cè)MSP擴(kuò)增產(chǎn)物,如果用針對(duì)處理后甲基化DNA鏈的引物能得到擴(kuò)增片段,則說(shuō)明該位點(diǎn)存在甲基化;反之,說(shuō)明被檢測(cè)的位點(diǎn)不存在甲基化。
(2)亞硫酸氫鹽測(cè)序法(Bisulfite sequencing PCR,BSP)
用亞硫酸氫鹽處理基因組DNA,則未發(fā)生甲基化的胞嘧啶被轉(zhuǎn)化為尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶不變。隨后設(shè)計(jì)BSP引物進(jìn)行PCR,在擴(kuò)增過(guò)程中尿嘧啶全部轉(zhuǎn)化為胸腺嘧啶,最后對(duì)PCR產(chǎn)物進(jìn)行測(cè)序就可以判斷CpG位點(diǎn)是否發(fā)生甲基化稱(chēng)為BSP-直接測(cè)序方法。將PCR產(chǎn)物克隆至載體后進(jìn)行測(cè)序,可以提高測(cè)序成功率,這種方法稱(chēng)為BSP-克隆測(cè)序法。
(3) 高分辨率熔解曲線(xiàn)法(High Resolution Melting,HRM)
在非CpG島位置設(shè)計(jì)一對(duì)針對(duì)亞硫酸氫鹽修飾后的DNA雙鏈的引物,這對(duì)引物中間的片段包含感興趣的CpG島。若這些CpG島發(fā)生了甲基化,用亞硫酸氫鹽處理后,未甲基化的胞嘧啶經(jīng)PCR擴(kuò)增后轉(zhuǎn)變成胸腺嘧啶,而甲基化的胞嘧啶不變,樣品中的GC含量發(fā)生改變,從而導(dǎo)致熔解溫度的變化。
中研研究院對(duì)甲基化酶市場(chǎng)研究結(jié)論及發(fā)展建議
第一節(jié) 甲基化酶行業(yè)研究結(jié)論及建議
第二節(jié) 中研普華甲基化酶行業(yè)發(fā)展建議
一、甲基化酶行業(yè)發(fā)展策略建議
二、甲基化酶行業(yè)投資方向建議
三、甲基化酶行業(yè)投資方式建議
甲基化酶行業(yè)報(bào)告由中研普華行業(yè)分析專(zhuān)家領(lǐng)銜撰寫(xiě),主要分析了行業(yè)的市場(chǎng)規(guī)模、發(fā)展現(xiàn)狀與投資前景,同時(shí)對(duì)甲基化酶行業(yè)的未來(lái)發(fā)展做出科學(xué)的趨勢(shì)預(yù)測(cè)和專(zhuān)業(yè)的行業(yè)數(shù)據(jù)分析,幫助客戶(hù)評(píng)估甲基化酶行業(yè)投資價(jià)值。
甲基化酶行業(yè)報(bào)告對(duì)我國(guó)內(nèi)行業(yè)的供需狀況、發(fā)展現(xiàn)狀、子行業(yè)發(fā)展變化等進(jìn)行了分析,重點(diǎn)分析了國(guó)內(nèi)甲基化酶行業(yè)的發(fā)展現(xiàn)狀、如何面對(duì)行業(yè)的發(fā)展挑戰(zhàn)、行業(yè)的發(fā)展建議、行業(yè)競(jìng)爭(zhēng)力,以及甲基化酶行業(yè)的投資分析和趨勢(shì)預(yù)測(cè)等等。報(bào)告還綜合了行業(yè)的整體發(fā)展動(dòng)態(tài),對(duì)行業(yè)在產(chǎn)品方面提供了參考建議和具體解決辦法。
未來(lái)甲基化酶行業(yè)現(xiàn)狀如何?想了解更多相關(guān)內(nèi)容,請(qǐng)關(guān)注或查看中研研究院出版的報(bào)告:《2023-2028年甲基化酶行業(yè)市場(chǎng)深度分析及發(fā)展策略研究報(bào)告》。
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2023-2028年男式化妝品行業(yè)市場(chǎng)深度分析及發(fā)展策略研究報(bào)告
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